Pakarang Anyar pikeun Diagnosis Tuberkulosis sareng Deteksi Résistansi Obat: Sekuensing Sasaran Generasi Anyar (tNGS) Digabungkeun sareng Pembelajaran Mesin pikeun Diagnosis Hipersensitivitas Tuberkulosis
Laporan literatur: CCa: modél diagnostik dumasar kana tNGS sareng pembelajaran mesin, anu cocog pikeun jalma anu kirang baktéri tuberkulosis sareng meningitis tuberkulosis.
Judul tésis: Sekuensing generasi salajengna anu ditujukeun pikeun tuberkulosis sareng pembelajaran mesin: strategi diagnostik anu ultra-sénsitip pikeun tubular pulmonal paucific sareng meningitis tubular.
Périodik: 《Clinica Chimica Acta》
UPAMI：6.5
Tanggal publikasi: Januari 2024
Digabungkeun sareng Akademi Élmu Pengetahuan Universitas Cina sareng Rumah Sakit Dada Beijing di Universitas Médis Ibu Kota, Macro & Micro-Test ngadegkeun modél diagnosis tuberkulosis dumasar kana generasi énggal téknologi sekuensing targeted (tNGS) sareng metode pembelajaran mesin, anu nyayogikeun sensitivitas deteksi ultra-luhur pikeun tuberkulosis kalayan sakedik baktéri sareng meningitis tuberkulosis, nyayogikeun metode diagnosis hipersensitivitas énggal pikeun diagnosis klinis dua jinis tuberkulosis, sareng ngabantosan diagnosis anu akurat, deteksi résistansi ubar sareng pangobatan tuberkulosis. Dina waktos anu sami, kapendak yén cfDNA plasma pasien tiasa dianggo salaku jinis sampel anu cocog pikeun sampling klinis dina diagnosis TBM.
Dina ieu panilitian, 227 sampel plasma sareng sampel cairan serebrospinal dianggo pikeun nangtukeun dua kohort klinis, dimana sampel kohort diagnostik laboratorium dianggo pikeun nangtukeun modél pembelajaran mesin diagnosis tuberkulosis, sareng sampel kohort diagnostik klinis dianggo pikeun mastikeun modél diagnostik anu tos ditetepkeun. Sadaya sampel mimitina ditargetkeun ku kolam probe panangkep anu ditargetkeun anu dirancang khusus pikeun Mycobacterium tuberculosis. Teras, dumasar kana data sekuensing TB-tNGS, modél tangkal kaputusan dianggo pikeun ngalaksanakeun validasi silang 5 kali lipat dina sét latihan sareng validasi antrian diagnostik laboratorium, sareng ambang diagnostik sampel plasma sareng sampel cairan serebrospinal diala. Ambang anu diala dibawa kana dua sét tés antrian diagnosis klinis pikeun deteksi, sareng kinerja diagnostik pelajar dievaluasi ku kurva ROC. Pamungkas, modél diagnosis tuberkulosis diala.
Gambar 1 diagram skematis desain panalungtikan
Hasil: Numutkeun ambang spésifik sampel DNA CSF (AUC = 0,974) sareng sampel cfDNA plasma (AUC = 0,908) anu ditangtukeun dina panilitian ieu, di antara 227 sampel, sensitivitas sampel CSF nyaéta 97,01%, spésifisitasna nyaéta 95,65%, sareng sensitivitas sareng spésifisitas sampel plasma nyaéta 82,61% sareng 86,36%. Dina analisis 44 sampel cfDNA plasma sareng DNA cairan serebrospinal anu dipasangkan ti pasien TBM, strategi diagnostik panilitian ieu ngagaduhan konsistensi anu luhur nyaéta 90,91% (40/44) dina cfDNA plasma sareng DNA cairan serebrospinal, sareng sensitivitasna nyaéta 95,45% (42/44). Dina murangkalih anu ngagaduhan tuberkulosis paru, strategi diagnostik panilitian ieu langkung sénsitip kana sampel plasma tibatan hasil deteksi Xpert tina sampel jus lambung ti pasien anu sami (28,57% VS 15,38%).
Gambar 2. Kinerja analisis modél diagnosis tuberkulosis pikeun sampel populasi
Gambar 3 Hasil diagnostik tina sampel anu dipasangkeun
Kacindekan: Métode diagnostik hipersensitif pikeun tuberkulosis parantos ditetepkeun dina panilitian ieu, anu tiasa nyayogikeun alat diagnostik kalayan sensitivitas deteksi pangluhurna pikeun pasien klinis anu ngagaduhan tuberkulosis oligobasiler (kultur négatif). Deteksi tuberkulosis hipersensitif dumasar kana cfDNA plasma tiasa janten jinis sampel anu cocog pikeun diagnosis tuberkulosis aktif sareng meningitis tuberkulosis (sampel plasma langkung gampang dikumpulkeun tibatan cairan serebrospinal pikeun pasien anu dicurigai ngagaduhan tuberkulosis otak).
Tautan aslina: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990? via%3Dihub
Bubuka ringkes produk deteksi séri tuberkulosis Makro & Mikro-Test
Kalayan ningali kaayaan sampel pasien tuberkulosis anu rumit sareng rupa-rupa kabutuhan, Macro & Micro-Test nyayogikeun sakumpulan solusi NGS anu lengkep pikeun ékstraksi pencairan tina sampel sputum, konstruksi sareng sekuensing perpustakaan Qualcomm, sareng analisis data. Produk-produkna ngawengku diagnosis gancang pasien tuberkulosis, deteksi résistansi ubar tuberkulosis, tipe mycobacterium tuberculosis sareng NTM, diagnosis hipersensitivitas tuberkulosis baktéri-négatif sareng jalma tuberkulosis, jsb.
Pakakas deteksi serial pikeun tuberkulosis sareng mikobakteri:
| Barang No. | nami produk | eusi uji coba produk | jinis sampel | modél anu tiasa dianggo |
| HWTS-3012 | Agen pelepasan sampel | Dianggo dina pangolahan pencairan sampel dahak, parantos kéngingkeun nomer rékor kelas hiji, Sutong Machinery Equipment 20230047. | dahak | |
| HWTS-NGS-P00021 | Pakakas deteksi kuantitas Qualcomm pikeun tuberkulosis hipersensitif (métode panangkepan probe) | Deteksi hipersensitivitas non-invasif (biopsi cair) pikeun tuberkulosis pulmonal baktéri-négatif sareng nodul otak; Sampel jalma anu dicurigai katépaan ku mikobakteri tuberkulosis atanapi non-tuberkulosis dianalisis ku metagenomik sekuensing anu jero, sareng inpormasi deteksi naha mikobakteri tuberkulosis atanapi non-tuberkulosis katépaan sareng inpormasi résistansi ubar lini kahiji utama tina mikobakteri tuberkulosis disayogikeun. | Getih periferal, cairan lavage alveolar, hidrotoraks sareng asites, sampel tusukan fokus, cairan serebrospinal. | Generasi kadua |
| HWTS-NGS-T001 | Pakakas deteksi résistansi sareng pangetikan Mycobacterium (métode sekuensing amplifikasi multipleks) | Tés tipe Mycobacterium, kalebet MTBC sareng 187 NTM；Deteksi résistansi ubar Mycobacterium tuberculosis ngawengku 13 ubar sareng 16 situs mutasi inti gén résistansi ubar. | Sputum, cairan lavage alveolar, hidrothoraks sareng asites, sampel tusukan fokus, cairan serebrospinal. | Platform ganda generasi kadua/katilu |
Sorotan: HWTS-NGS-T001 Pakakas deteksi résistansi sareng pangetikan Mycobacterium (métode amplifikasi multipleks)
Bubuka produk
Produk ieu dumasar kana ubar lini kahiji sareng kadua utama anu dijelaskeun dina pedoman pangobatan TB WHO, makrolida sareng aminoglikosida anu umumna dianggo dina pedoman pangobatan NTM, sareng situs résistansi ubar ngawengku sadaya hiji kelompok situs anu aya hubunganana sareng résistansi ubar dina katalog mutasi kompléks Mycobacterium tuberculosis WHO, ogé gén résistansi ubar sareng situs mutasi anu dilaporkeun sanés numutkeun panilitian sareng statistik literatur anu gaduh skor luhur di jero sareng di luar negeri.
Idéntifikasi tipe dumasar kana galur NTM anu diringkeskeun dina pedoman NTM anu diterbitkeun ku Chinese Journal of Tuberculosis and Respiratory Diseases sareng konsensus para ahli. Primer tipe anu dirancang tiasa ngagedekeun, ngurutkeun, sareng ngajelaskeun langkung ti 190 spésiés NTM.
Ngaliwatan téknologi amplifikasi PCR multipleks anu ditargetkeun, gén genotipe sareng gén Mycobacterium anu tahan ubar diamplifikasi ku PCR multipleks, sareng kombinasi amplikon tina gén target anu bakal dideteksi diala. Produk anu diamplifikasi tiasa diwangun kana perpustakaan sekuensing throughput tinggi generasi kadua atanapi generasi katilu, sareng sadaya platform sekuensing generasi kadua sareng generasi katilu tiasa dikenai sekuensing anu jero pikeun kéngingkeun inpormasi sekuen gén target. Ku ngabandingkeun sareng mutasi anu dipikanyaho anu aya dina database rujukan anu diwangun (kalebet katalog mutasi kompleks WHO Mycobacterium tuberculosis sareng hubunganana sareng résistansi ubar), mutasi anu aya hubunganana sareng résistansi ubar atanapi karéntanan ubar anti-tuberkulosis ditangtukeun. Digabungkeun sareng solusi pangobatan sampel sputum anu dibuka mandiri tina Macro & Micro-Test, masalah efisiensi amplifikasi asam nukléat anu handap tina sampel sputum klinis (sapuluh kali langkung luhur tibatan metode tradisional) direngsekeun, supados deteksi sekuensing résistansi ubar tiasa langsung diterapkeun kana sampel sputum klinis.
Rentang deteksi produk
34gén anu aya patalina jeung résistansi ubar tina18obat anti tuberkulosis sareng6Obat-obatan NTM anu kapanggih, ngawengku297situs résistansi ubar; Sapuluh jinis Mycobacterium tuberculosis sareng langkung ti190rupa-rupa NTM anu kapanggih.
Tabel 1: Informasi ngeunaan 18+6 Obat +190+NTM
Kaunggulan produk
Adaptabilitas klinis anu kuat: sampel sputum tiasa langsung dideteksi nganggo agén pencairan mandiri tanpa kultur.
Operasi ékspériméntalna saderhana: babak kahiji operasi amplifikasi saderhana, sareng konstruksi perpustakaan réngsé dina 3 jam, anu ningkatkeun efisiensi padamelan.
Ngetik sareng résistansi ubar anu komprehensif: ngawengku situs ngetik sareng résistansi ubar MTB sareng NTM, anu mangrupikeun poin konci anu janten perhatian klinis, deteksi ngetik sareng résistansi ubar anu akurat, ngadukung parangkat lunak analisis mandiri, sareng ngahasilkeun laporan analisis ku hiji klik.
Kompatibilitas: kompatibilitas produk, adaptasi sareng platform ILM sareng MGI/ONT umum.
Spésifikasi produk
| Kode produk | nami produk | Platform deteksi | spésifikasi |
| HWTS-NGS-T001 | Pakakas deteksi résistansi sareng pangetikan Mycobacterium (métode amplifikasi multipleks) | ONT, Illumina, MGI, Salus pro | 16/96rxn |
Waktos posting: 23 Januari 2024