Pakarang Anyar pikeun Diagnosis Tuberkulosis sareng Detéksi Résistansi Narkoba: Urutan Sasaran Generasi Anyar (tNGS) Digabungkeun sareng Pembelajaran Mesin pikeun Diagnosis Hipersensitivitas Tuberkulosis
Laporan pustaka: CCa: modél diagnostik dumasar kana tNGS sareng pembelajaran mesin, anu cocog pikeun jalma anu kurang baktéri tuberkulosis sareng meningitis tuberkulosis.
Judul skripsi: Tuberkulosis-sasaran generasi salajengna sequencing sareng pembelajaran mesin: strategi diagnostik ultra-sénsitip pikeun tubular pulmonal paucific sareng meningitis tubular.
Périodik: 《Clinica Chimica Acta》
IF: 6.5
Tanggal publikasi: Januari 2024
Digabungkeun sareng Universitas Akademi Élmu Cina sareng Rumah Sakit Dada Beijing Universitas Médis Ibukota, Macro & Micro-Test ngadegkeun modél diagnosis tuberkulosis dumasar kana generasi anyar téknologi urutan sasaran (tNGS) sareng metode pembelajaran mesin, anu nyayogikeun ultra-tinggi. sensitipitas deteksi pikeun tuberkulosis kalawan sababaraha baktéri sarta meningitis tuberkulosis, disadiakeun métode diagnosis hypersensitivity anyar pikeun diagnosis klinis dua jenis tuberkulosis, sarta mantuan diagnosis akurat, deteksi résistansi ubar jeung pengobatan tuberkulosis.Dina waktos anu sami, kapanggih yén cfDNA plasma pasien tiasa dianggo salaku jinis sampel anu cocog pikeun sampling klinis dina diagnosis TBM.
Dina ulikan ieu, 227 sampel plasma jeung sampel cairan cerebrospinal anu dipaké pikeun ngadegkeun dua cohorts klinis, nu sampel cohort diagnostik laboratorium dipaké pikeun ngadegkeun modél learning mesin diagnosis tuberkulosis, sarta sampel cohort diagnostik klinis dipaké pikeun pariksa ngadegkeun. modél diagnostik.Sadaya sampel munggaran disasarkeun ku kolam renang panyilidikan anu dirarancang khusus pikeun Mycobacterium tuberculosis.Lajeng, dumasar kana data sequencing TB-tNGS, model tangkal kaputusan dipaké pikeun ngalakukeun 5-melu cross-validasi dina latihan jeung set validasi tina antrian diagnostik laboratorium, sarta thresholds diagnostik tina sampel plasma jeung sampel cairan cerebrospinal dicandak.Ambang anu dicandak dibawa kana dua set tés antrian diagnosis klinis pikeun deteksi, sareng kinerja diagnostik murid dievaluasi ku kurva ROC.Tungtungna, modél diagnosis tuberkulosis dicandak.
Gbr. 1 diagram skématik desain panalungtikan
Hasil: Numutkeun ambang spésifik sampel CSF DNA (AUC = 0.974) sareng sampel cfDNA plasma (AUC = 0.908) ditangtukeun dina ulikan ieu, diantara 227 sampel, sensitipitas sampel CSF nyaéta 97.01%, spésifisitasna 95.65%, jeung sensitipitas sareng spésifisitas sampel plasma nyaéta 82,61% sareng 86,36%.Dina analisis 44 sampel dipasangkeun cfDNA plasma jeung DNA cairan cerebrospinal ti penderita TBM, strategi diagnostik ulikan ieu konsistensi luhur 90,91% (40/44) dina cfDNA plasma jeung DNA cairan cerebrospinal, sarta sensitipitas 95,45% (42/44).Dina barudak kalawan tuberkulosis pulmonal, strategi diagnostik ulikan ieu leuwih sénsitip kana sampel plasma ti hasil deteksi Xpert sampel jus lambung ti penderita sarua (28,57% VS 15,38%).
Gbr. 2 Analisis kinerja modél diagnosis tuberkulosis pikeun sampel populasi
Gbr. 3 Hasil diagnostik tina sampel dipasangkeun
Kacindekan: Hiji métode diagnostik hypersensitive pikeun tuberkulosis diadegkeun dina ulikan ieu, nu bisa nyadiakeun alat diagnostik jeung sensitipitas deteksi pangluhurna pikeun penderita klinis jeung tuberkulosis oligobacillary (kultur négatip).Deteksi tuberkulosis hipersensitif dumasar kana cfDNA plasma tiasa janten jinis sampel anu cocog pikeun diagnosis tuberkulosis aktif sareng meningitis tuberkulosis (sampel plasma langkung gampang dikumpulkeun tibatan cairan cerebrospinal pikeun pasien anu disangka tuberkulosis otak).
Tautan asli: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990?via%3Dihub
Bubuka ringkes produk deteksi séri tuberkulosis Macro & Micro-Test
Ningali kaayaan sampel pajeulit pasien tuberkulosis sarta sagala rupa kaperluan, Macro & Micro-Test nyadiakeun set lengkep solusi NGS pikeun ékstraksi liquefaction tina sampel sputum, konstruksi perpustakaan Qualcomm sarta sequencing, sarta analisis data.Produk nutupan diagnosis gancang pasien tuberkulosis, deteksi résistansi ubar tina tuberkulosis, ngetik mycobacterium tuberculosis sareng NTM, diagnosis hipersensitivitas tina tuberkulosis baktéri-négatip sareng jalma tuberkulosis, jsb.
Kit deteksi serial pikeun tuberkulosis sareng mikobaktéri:
| Item No | Ngaran Produk | eusi nguji produk | tipe sampel | model lumaku |
| HWTS-3012 | agén release sampel | Dipaké dina pengobatan liquefaction sampel sputum, geus meunang nomer catetan-kelas munggaran, Sutong Mesin Equipment 20230047. | baham | |
| HWTS-NGS-P00021 | Kit deteksi kuantitas Qualcomm pikeun tuberkulosis hipersensitif (metode panyilidikan) | Deteksi hipersensitivitas non-invasif (biopsi cair) pikeun tuberkulosis pulmonal baktéri-négatip sareng nodul otak;Sampel jalma anu disangka kainfeksi tuberkulosis atanapi mycobacteria non-tuberkulosis dianalisis ku metagenomics sequencing jero-jero, sareng inpormasi deteksi naha mycobacteria tuberkulosis atanapi non-tuberkulosis katépaan sareng inpormasi résistansi ubar garis kahiji utama tina mycobacterium tuberculosis. anu disadiakeun. | Getih periferal, cairan lavage alveolar, hydrothorax sareng ascites, sampel tusukan fokus, cairan cerebrospinal. | Generasi kadua |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium typing and drug resistance detection kit (metoda pangurutan amplifikasi multiplex) | Tes ngetik Mycobacterium, kalebet MTBC sareng 187 NTM；Deteksi résistansi ubar Mycobacterium tuberculosis ngawengku 13 ubar sareng 16 situs mutasi inti gén résistansi narkoba. | Sputum, cairan lavage alveolar, hydrothorax sareng ascites, sampel tusukan fokus, cairan cerebrospinal. | Platform dual generasi kadua / katilu |
Sorotan: HWTS-NGS-T001 Mycobacterium typing and drug resistance detection kit (multiplex amplification method)
bubuka produk
Produk ieu dumasar kana ubar garis kahiji sareng kadua utama anu dijelaskeun dina pedoman pengobatan TB WHO, makrolida sareng aminoglikosida anu biasa dianggo dina pedoman pengobatan NTM, sareng situs résistansi ubar nutupan sadaya hiji kelompok situs anu aya hubunganana sareng résistansi obat di WHO Mycobacterium tuberculosis katalog mutasi kompléks, kitu ogé gén résistansi ubar lianna dilaporkeun jeung situs mutasi nurutkeun panalungtikan sarta statistik literatur-nyetak tinggi di imah jeung di mancanagara.
Idéntifikasi ngetik dumasar kana galur NTM anu diringkeskeun dina pedoman NTM diterbitkeun ku Chinese Journal of Tuberculosis and Respiratory Diseases sareng konsensus para ahli.Primer ketikan anu dirancang tiasa ngagedékeun, ngaruntuykeun sareng ngémutan langkung ti 190 spésiés NTM.
Ngaliwatan téknologi amplifikasi PCR multipleks anu disasarkeun, genotip genotip sareng gén tahan obat Mycobacterium diamplifikasi ku PCR multipleks, sareng kombinasi amplikon gén target anu bakal dideteksi dicandak.Produk anu diamplifikasi tiasa diwangun kana perpustakaan sekuensing-throughput generasi kadua atanapi generasi katilu, sareng sadaya platform sekuensing generasi kadua sareng generasi katilu tiasa diturunkeun kana urutan anu jero pikeun kéngingkeun inpormasi urutan gén target.Ku ngabandingkeun sareng mutasi anu dipikanyaho aya dina pangkalan data rujukan anu diwangun (kalebet katalog mutasi kompleks Mycobacterium tuberculosis WHO sareng hubunganana sareng résistansi narkoba), mutasi anu aya hubunganana sareng résistansi narkoba atanapi kerentanan obat anti tuberkulosis ditangtukeun.Digabungkeun jeung solusi perlakuan sampel sputum timer dibuka tina Macro & Micro-Test, masalah efisiensi amplifikasi asam nukléat low sampel sputum klinis (sapuluh kali leuwih luhur ti éta métode tradisional) ieu direngsekeun, ku kituna résistansi ubar deteksi sequencing bisa langsung dilarapkeun kana sampel sputum klinis.
rentang deteksi produk
34gén nu patali résistansi ubar tina18obat anti tuberkulosis jeung6Ubar NTM dideteksi, nutupan297situs résistansi ubar;Sapuluh rupa Mycobacterium tuberculosis sareng langkung ti190jenis NTM dideteksi.
meja 1: Émbaran ngeunaan 18+6 Narkoba +190+NTM
Kauntungannana produk
adaptability klinis kuat: sampel sputum bisa langsung dideteksi ku agén timer liquefaction tanpa budaya.
Operasi ékspérimén basajan: babak kahiji operasi amplifikasi basajan, sarta pangwangunan perpustakaan réngsé dina 3 jam, nu ngaronjatkeun efisiensi gawé.
Ketik komprehensif sareng résistansi ubar: nutupan situs ngetik sareng résistansi ubar MTB sareng NTM, anu mangrupikeun titik-titik utama perhatian klinis, ngetik akurat sareng deteksi résistansi narkoba, ngadukung parangkat lunak analisa mandiri, sareng ngahasilkeun laporan analisa kalayan hiji klik.
Kasaluyuan: kasaluyuan produk, adaptasi kana mainstream ILM na MGI / ONT platform.
spésifikasi produk
| Kode produk | Ngaran Produk | platform deteksi | spésifikasi |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium typing and drug resistance detection kit (metoda amplifikasi multiplex) | ONT, Illumina, MGI, Salus pro | 16/96rxn |
waktos pos: Jan-23-2024